为探究莱芜猪中不同部位脂肪沉积产生差异的关键基因，以180日龄体重相近的莱芜猪为实验对象，鉴定肌内脂肪（intramuscular fat， IMF）和皮下脂肪（subcutaneous fat， SCF）mRNA表达谱情况。对差异表达基因进行基因本体论（gene ontology， GO）和京都基因与基因组百科全书数据库（Kyoto encyclopedia of genes and genomes， KEGG）功能富集分析，构建平均表达量前300 mRNA的蛋白质互作网络，筛选关键调控基因，并分析关键基因的序列和蛋白质结构，探究基因结构和功能的联系，最Oncolytic Newcastle disease virus后随机挑选6个mRNA进行qRT-PCR验证。在IMF和SCF中共鉴定出1 665个差异表达的mRNA，其中上调888个，下调777个。GO结果显示，差异表达mRNA显著富集于信号通路调节的生物学功能（biological process， BP）条目，生物膜组成的细胞组成（cellular coselleck激酶抑制剂mponent， CC）条目和细胞代谢过程中酶活性调节的分子功能（molecular function， MF）条目。KEGG富集结果显示，差异表达基因主要参与脂肪细胞生成PUN30119试剂、脂代谢、炎症反应和癌症相关的信号通路。蛋白质互作网络和基因序列蛋白质结构分析结果显示，CXCR4、PECAM1、PLAU、AGT、AKT2、HSP70.2、CDC42、POSTN等基因可作为调控IMF的关键候选基因。q-PCR验证结果和测序结果趋势一致，证明测序结果真实可靠。通过比较IMF和SCF转录组差异，发现AGT、CXCR4、HSP70.2和PLAU基因在莱芜猪IMF沉积和脂代谢过程中发挥关键作用，可作为调控IMF的候选基因。