西府海棠(Malus micromalus)为蔷薇科(Rosaceae)苹果属(Malus Mill.)小乔木,是常见的园林观赏树及栽培果树。本研究通过检测形态、叶绿体基因组和ISSR分子标记变异探讨西府海棠的表型和遗传多样性。具体内容如下:(1)调查分析了全国范围内101株西府海棠17个数量性状的变异程度及其与气候因子的关联性。西府海棠花部性状的变异最大,平均变异系数为18.89%,叶的性状整体较为稳定,平均变异系数是14.33%,果实性状变异程度介于二者之间。17个数量性状的变异系数差异较大,花瓣数量和果柄长变异显著高于其它性状,变异系数分别为26.75%和25.69%。果径宽位/果长变异系数最小,只有9.43%,其他表型性状的变异系数大多集中在10%～20%之间。14个表型性状与气候因子有一定的相关性,相关系数达显著水平(P<0.05)的有47个,达到极显著水平(P<0.01)的有118个,其中叶长、叶宽、叶柄长、叶宽位/叶长、果长、果形指数、花梗长、花径和花瓣长都与气候因子的相关性较大,表明气候因子对西府海棠的表型性状有一定的影响。表型性状的聚类结果均未将单瓣西府海棠和重瓣西府海棠完全区分开,但与采样地地理环境位置均有一定的关联,也进一步说明表型性状与气候因子的相关性。(2)通过高通量测序组装出13个西府海棠叶绿体基因组。西府海棠叶绿体基因组全长为160,010～160,081bp,包括大单拷贝区88,115～88,193bp,小单拷贝区19,182～19,189bp和一对反向重复区26,353bp。13个叶绿体基因组均注释到了130个相同的基因,包含85个蛋白编码基因,8个r RNA基因和37个t RNA基因。13个西府海棠叶绿体基因组共检测到24个SNP位点,总Pi值为0.00008。这些突变都分布在单拷贝区域,小单拷贝和大单拷贝区域遗传多样性Pi值分别为0.00021和0.00009。在精细分区中,多态性最高的编码区是rps15,petD和rps4,非编码区是trnH-GUG＿psbA,ndhD＿psaC和psbRepSox供应商A＿trnK-UUU。此外,在西府海棠叶绿体基因组检测到27个indels,全都处于非编码区,总发生频率为0.17 indels/1kb。基于完整叶绿体基因组构建了西府epigenetic stability海棠和其他20个苹果属近缘物种的系统发育树,所有西府海棠Laduviglusib半抑制浓度样品聚为一支,其中重瓣和单瓣各为一支,揭示了西府海棠的单系起源和单/重瓣海棠的遗传分化。(3)筛选出适用于西府海棠的多态性ISSR引物15条,对105个西府海棠样品进行检测。共扩增出196个位点,每条引物平均扩增位点为13.07个。这些位点中,多态位点有140个,多态位点百分率(PPB)为71.43%。西府海棠的观测等位基因数(Na)为1.7143,有效等位基因数(Ne)为1.255,Nei’s基因多样性指数(H)为0.1628,Shannon’s多样性指数(I)为0.2597。西府海棠群体结构分析和主成分分析结果均将105个西府海棠分为三组。使用NTSYSpc软件基于Dice相似性系数对西府海棠进行聚类,在相似系数为0.835时分为三支,16个单瓣西府海棠聚为一支,88个重瓣西府海棠聚为一支,与叶绿体基因组的分析结果一致。