“拔鸡腿”是指三七(Notoginseng Radix et Rhizoma)道地产区云南文山州大田种植的二、三年生三七(Panax notoginseng(Burk.)F.H.Chen)地上茎顶部茎段出现的鸡腿状(即侧面观为倒梯形)横向增粗现象。前期研究已证实该现象表征三七根部的高皂苷含量和高产,但其如何表征三七根部的类黄酮尚不清楚。本论文以文山州二、三年生三七“拔鸡腿”和“非拔鸡腿”植株根部为材料,测定总黄酮、总黄酮醇和总花色苷含量,并进行主根转录组测序与分析,对转录组中表达水平存在显著差异的结构基因和调节基因进行实时荧光定量PCR(q RT-PCR)测定。主要结果如下:(1)对于二年生三七,“拔鸡腿”表征着主根总黄酮含量显著偏低(约低9.350%)、总黄酮醇含量不显著偏高(约高27.429%)、总花色苷含量极显著偏高(约高57.081%);侧根总黄酮含量显著偏高(约高53.864%)、总黄酮醇含量不显著偏低(约低11.052%)、总花色苷含量显著偏低(约低37.074%);根状茎总黄酮含量极显著偏低(约低33.740%)、总黄酮醇含量不显著偏高(约高10.280%)、总花色苷含量极显著偏高(约高32.319%)。对于三年生三七,“拔鸡腿”表征着主根总黄酮含量极显著偏低(约低44.118%)、总黄酮醇含量不显著偏高(约高7.798%)、总花色苷含量极显著偏低(约低277.319%);侧根总黄酮含量显著偏高(约高7.309%)、总黄酮醇含量显著偏低(约低18.016%)、总花色苷含量极显著偏高(约高167.848%);根状茎总黄酮含量显著偏高(约高23.588%)、总黄酮醇含量不显著Captisol核磁偏低(约低4.944%)、总花色苷含量极显著偏低(约低55.633%)。(2)从三七基因组中鉴定出可能与类黄酮合成相关的32个结构基因和28个转录因子基因。“拔鸡腿”主根转录组测序中,筛选出8个显著差异表达结构基因(Pn C4H2、Pn4CL2/3、Pn CHI2、Pn ANS/LDOX1/2和Pn FLS1/2)及2个显著差异表达转录因子基因(MYB-Pno02G004731和MYB-Pno08G000078),10个基因的q RT-PCR相对表达量与转录组FPKM值趋势一致。“拔鸡腿”表征着二年生三七主根中Pn C4H2、Pn4CL2、Pn ANS/LDOstimuli-responsive biomaterialsX1、Pn FLS1/2和MYB-Pno02G004731上调,以及其余差异表达基因下调;三年生三七主根中Pn CHI2和Pn FLS2上调,以及以Lapatinib及其余差异表达基因下调。类黄酮含量的变化主要由Pn ANS2、Pn4CL2/3、MYB-Pno08G000078、MYB-Pno02G004731、Pn FLS1调控。综上,“拔鸡腿”与“非拔鸡腿”三七根部总黄酮、总黄酮醇和总花色苷含量存在差异,该差异与差异表达基因(Pn ANS2、Pn4CL2/3、MYB-Pno08G000078、MYB-Pno02G004731、Pn FLS1)的表达水平高度相关。本研究阐明了“拔鸡腿”对三七根部类黄酮含量的表征效应,可完善“拔鸡腿”的内涵,并为从诱导“拔鸡腿”发生的角度优化三七大田栽培的管理措施提供理论依据。