基于全基因组测序的广西西番莲果实木质化病原的鉴定

西番莲(Passiflora edulis)又名百香果、鸡蛋果,在我国海南、福建、广东、广西、云南、贵州、台湾等地广泛种植,病毒病是严重影响西番莲安全发展的主要因素。2022年10月,笔者从广西南宁市武鸣区采集表现叶片斑驳、花叶,果实畸形、木质化等症状的西番莲叶片和果实样品,利用RT-PCR、基因克隆、序列比对和进化树分析等方法,对侵染西VE-822体内番莲表现为果实畸形及木质化的病毒种类进行了鉴定。结果显示,利用夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,TeMV)、东亚西番莲病毒(East asian passiflora virus,EAPV)、西番莲木质化病毒(Passion fruit woodiness virus,PWV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)等病毒特异引物并未扩增出特异的目的条带,说明样品并未感染上述病毒;而利用西番莲重型斑驳病毒(Passion fruit severe mottle virus,PFSMoV)和越南西番莲病毒(Passion fruit Vietnam virus,PFVV)则能扩增出与目的条带大小一致的PCR片段,将PCR产物纯化后进行测序,所得序列在NCBI上进行BLAST分析发现,本研究所得序列与GenBank数据库中已报道的PFSMoV和PFVselleckV各分离具有较高的核苷酸相似性。根据已报道的PFSMoV和PFVV各分离物的基因组序列,设计引物用于分段扩增其病毒基因组全长的特异引物,利用RACE 5’&3’试剂盒扩增病毒的5’和3’末端序列。目前已经获得三段长度分别为48～2 528 nt、4 816～7 195 nt、9 511～9 974 nt的病毒基因组序列,分析这些核苷酸序列发现,所得序列与福建分离物PfSMoV-FJ的核苷酸相似性分别为81.07%、83.7%、94.83Automated Liquid Handling Systems%。根据现有结果,我们初步推测引起广西武鸣的西番莲叶片斑驳,果实畸形、木质化的病原是PFSMoV,该分离物的全基因序列特征以及致病力的分析有待进一步研究。